Efter to måneders massivt bombardement og systematisk fremrykning af preussiske skyttegrave frem mod de danske skanser endte kampene ved Dybbøl den 18. april 1864. De preussiske styrker indtog stillingen, og med Dybbøls fald var den danske hær militært knækket i Sønderjylland.
Herefter stod Fredericia tilbage som danskernes eneste egentlige bastion i Jylland – og som det sidste sted, hvorfra et eventuelt modangreb kunne iværksættes.
Fredericia opgives
Alligevel beordrede krigsministeren den 25. april Fredericias kommandant, general N.C. Lunding, til at rømme byen. Det skete på trods af, at Fredericias befæstning var væsentligt stærkere end Dybbøl. Modvilligt lod Lunding de sidste danske tropper forlade fæstningen, og den 28. april sejlede de til Fyn.
Dermed havde Danmark mistet sin sidste flankestilling i Jylland. Fredericia blev umiddelbart efter besat af østrigske tropper – helt uden kamp.
Krigsminister Lundbye ønskede med beslutningen at styrke forsvaret af Als og Nørrejylland. Resultatet blev imidlertid, at den danske hær – bortset fra 4. division i Nørrejylland – mistede alle offensive muligheder. Forsvaret måtte nu koncentrere sig om et passivt forsvar af Als og Fyn, samtidig med at styrker blev fastholdt i Nørrejylland. De i forvejen begrænsede danske ressourcer blev dermed spredt på tre fronter.
Preussere og østrigere rykker op gennem Jylland
Med Dybbøl og Fredericia ude af spillet var den preussisk-østrigske hær ikke længere bundet til Sønderjylland. Større styrker kunne nu frigøres og spredes, og besættelsen af Jylland gik hurtigt.
De fjendtlige tropper rykkede nordpå og besatte store dele af halvøen helt op til Limfjordens sydside uden nævneværdig modstand.
Søslaget ved Helgoland – en isoleret succes
Som under Treårskrigen var det den danske flådes opgave at forhindre landsætninger på øerne og blokere de tyske havne i Østersøen og Vesterhavet. Den preussiske flåde var stadig under opbygning, og de danske skibe kunne relativt uhindret standse handelen til de tyske byer.
Et preussisk forsøg på at fordrive den danske flåde fra farvandet omkring Rügen blev afvist. Den østrigske flåde – med base i Trieste – sendte derfor to fregatter til Vesterhavet for at bryde blokaden af Hamborg.
Den 9. maj 1864 udkæmpedes søslaget ved Helgoland, hvor en dansk eskadre, med fregatten Jylland som det mest kendte skib, vandt en taktisk sejr over den østrigske flåde, som var forstærket med tre preussiske kanonbåde. Sejren fik dog ingen reel betydning for krigens videre forløb.
Våbenhvile og forhandlinger
Den 12. maj blev der indgået våbenhvile – i første omgang for én måned, senere forlænget med yderligere 14 dage.
Under våbenhvilen pressede de neutrale stormagter Danmark til at acceptere drøftelser om en deling af Slesvig. Forhandlingerne fandt sted i London under ledelse af den britiske udenrigsminister lord John Russell og med deltagelse af Danmark, Preussen, Østrig, Det Tyske Forbund samt Frankrig, Rusland og Sverige-Norge.
Deling af Slesvig
Briterne foreslog en deling af Slesvig langs Dannevirke og var muligvis villige til at sætte magt bag forslaget. Preussen foreslog først en grænse ved Åbenrå–Tønder, senere en linje tæt på den grænse, der først blev realiseret i 1920. De danske forhandlere havde imidlertid klare instrukser hjemmefra: kun den sydligste spids af Slesvig måtte opgives.
Denne stædighed – trods det nylige militære nederlag – hang blandt andet sammen med kong Christian IX’s ønske om at få barndomshjemmet Louisenlund syd for Slesvig by på dansk side.
Folkeafstemning – en forpasset mulighed?
Frankrig foreslog en folkeafstemning i Slesvig. Det blev afvist kontant af den danske delegationsleder, som erklærede, at han ikke engang kunne tageforslaget ad referendum.
I Danmark blev det modtaget positivt, at forhandlingerne brød sammen, men i eftertiden har det været diskuteret, om en deling eller folkeafstemning reelt havde været Danmarks sidste chance.
Våbenhvilen udnyttes militært
Begge sider brugte våbenhvilen til omfattende troppebevægelser. Danskerne frygtede et angreb på Fyn og flyttede omkring 10.000 mand fra Vendsyssel til øen.
Preusserne brugte tiden mere offensivt. Både, der oprindeligt var samlet til et angreb på Sønderborg, blev nu samlet til overgangen til Als. Tropper blev koncentreret, og Dybbølstillingen blev konsolideret. Besættelsen af Jylland gjorde det muligt at fokusere fuldt ud på dette næste skridt.
Overgangen til Als
Den 28. juni satte preussiske styrker over Alssund. Det danske forsvar blev hurtigt overmandet, og Als måtte opgives efter betydelige tab. De danske tropper blev evakueret til Fyn fra Hørup, Fynshav og Kegnæs.
Nervøsiteten bredte sig. Man frygtede nu et tilsvarende angreb på Fyn, og selv i København talte man åbent om risikoen for en fjendtlig landgang. Efter kampen ved Lundby den 3. juli trak de danske styrker sig helt ud af Jylland.
Efter kampen ved Lundby den 3. juli trak de danske styrker sig gradvis helt ud af Jylland.
Hele Jylland besættes
Den 10. juli beordrede den preussiske general Vogel von Falckenstein Aalborg besat. Byen blev indtaget uden modstand, da de sidste danske tropper havde forladt den samme morgen. Dagen efter gik preussiske styrker over Limfjorden.
Østrigske tropper havde allerede besat Holstebro og rykkede nu videre over Oddesund til Thyholm. Den 12. juli besatte preusserne Frederikshavn, og kort efter nåede østrigske styrker til Mors.
Som en symbolsk afslutning på besættelsen rejste general von Falckenstein sammen med den preussiske prins Albrecht til Skagen, hvor de plantede de preussiske og østrigske flag og indskrev sig i kirkebogen i Skagen Kirke. Jylland var nu fuldstændigt besat.
Ny dansk overgeneral
Den 7. juli 1864 blev general P.F. Steinmann udnævnt til ny dansk overgeneral. Opgaven var enorm: at genopbygge en slagen hær – og samtidig håndtere nederlaget i et politisk system præget af fejlvurderinger, skyldplacering og tabt mod.