Besættelsen af Jylland blev en realitet efter 18. april 1864
Efter to måneders svært bombardement og gravning af skyttegrave frem mod de danske skanser sluttede kampene ved Dybbøl med den prøjsiske indtagelse af skanserne den 18. april. Herefter var Fredericia danskernes eneste bastion i Jylland med mulighed for modangreb.
Fredericia opgives
Men krigsministeren befalede 25. april Fredericias kommandant general N.C. Lunding, at rømme byen, selv om befæstningen var langt stærkere end Dybbøl. Modvilligt lod Lunding de sidste danske soldater forlade Fredericia og sejle til Fyn 28. april hvorved Danmark nu har mistet den sidste flankestilling i Jylland.
Fredericia blev besat af Østrigerne uden kamp.
Krigsminister Lundby ville med beslutningen styrke forsvaret af Als og Nørrejylland.
Den danske hær havde nu, bortset fra den 4. division i Nørrejylland, mistet alle sine offensive muligheder og var tvunget til at koncentrere sig om et passivt forsvar af Als og Fyn og dermed til at splitte sine i forvejen beskedne kræfter i tre dele – Als, Fyn og i Nørrejylland.
Preusserne og Østrigerne rykker op i Jylland
Den preussisk-østrigske hær er nu ikke længere tvunget til at binde stærke stridskræfter ved Dybbøl og Fredericia, men kan vælge at sprede tropperne, og de besatte hurtigt Jylland op til Limfjordens sydside.
Det samtidige søslag ved Helgoland
Som i Treårskrigen var det flådens opgave at forhindre landsætning på øerne og at blokere de tyske Østersø- og Vesterhavshavne. Den preussiske flåde var endnu i sin vorden. De danske skibe kunne uhindret stoppe handelen til de tyske byer og opbringe tyske handelsskibe. Et preussisk forsøg på at forjage flåden fra farvandet omkring Rügen blev afvist (træfningen ved Rügen).
Den østrigske flåde med base i Trieste sendte to fregatter til Vesterhavet for at hæve blokaden af Hamburg. Den danske eskadre vandt en taktisk sejr over den østrigske, der var forstærket med tre preussiske kanonbåde, den 9. maj 1864 ud for Helgoland. Det var her Fregatten Jylland deltog.
Slaget fik imidlertid ingen betydning for krigens udfald.
Våbenhvile
Den 12. maj blev der indgået våbenhvile. I første omgang af en måneds varighed. Våbenhvilen blev senere forlænget med 14 dage.
Deling af Slesvig
De neutrale stormagter pressede Danmark til at gå med til at drøfte en deling af Slesvig under forhandlinger i London under ledelse af den engelske udenrigsminister lord John Russell. Der var repræsentanter for de krigsførende lande, Danmark, Preussen, Østrig samt for det tyske forbund, Frankrig, Rusland og Sverige-Norge. Englands forslag var en deling af Slesvig langs Dannevirke, og muligvis ville England endda sætte magt bag.
Preusserne foreslog først en deling ved linjen Åbenrå-Tønder og senere en deling tæt på det, der blev grænsen efter genforeningen i 1920 nord om Flensborg og Tønder. Men de danske forhandlere ville efter instrukser hjemmefra kun afgive den sydligste spids af Slesvig. Denne stædighed trods det nylige nederlag skyldtes til dels, at Christian 9. ville have barndomshjemmet Louisenlund syd for Slesvig by med på den danske side.
Folkeafstemning ?
Frankrig foreslog en folkeafstemning om sagen, men den danske delegationsleder udtalte: “Jeg kan ikke engang samtykke i at tage forslaget ad referendum”. Det blev vel modtaget i den danske befolkning, at forhandlingerne om delingen af Slesvig var brudt sammen.
Det har været diskuteret i eftertiden om hvorvidt en folkeafstemning eller deling af Slesvig virkelig havde været en reel mulighed.
Tropperne flyttes rundt
Våbenhvilen blev brugt til forskellige troppebevægelser på begge sider. Danskerne frygtede et angreb på Fyn og var optaget af at flytte 10.000 mand fra Vendsyssel til Fyn.
Prøjserne brugte tiden på at forberede overgangen til Als ved at flytte bådene der oprindeligt var samlet til en overgang mod selve Sønderborg, samle tropper til angrebet og at konsolidere sig i Dybbølstillingen. Med besættelsen af Jylland kunne man koncentrere sig om denne opgave.
Overgangen til Als
28. juni sætter Prøjserne over Alssund og løber de danske styrker over Als over ende.
Als må opgives efter betydelige tab og tropperne overføres til Fyn fra havnene i Hørup, Fynshav og på Kegnæs. Der breder sig en betydelig nervøsitet for et tilsvarende angreb på Fyn og selv i København tales om risikoen for et angreb.
Efter kampen ved Lundby den 3. juli trak de danske styrker sig gradvis helt ud af Jylland.
Nørrejylland besættes
Den 10. juli beordrede den preussiske general Vogel von Falckenstein Aalborg besat, hvilket skete uden modstand, da de sidste danske tropper havde trukket sig ud af byen samme morgen. Dagen efter gik preusserne fra Aalborg over Limfjorden. Længere mod sydvest havde Østrigske styrker allerede indtaget Holstebro, og østrigerne gik nu over Oddesund til Thyholm. Den 12. juli besatte preusserne Frederikshavn, og 2 dage før nåede østrigske styrker Mors.
Samme dag tog general von Falckenstein sammen med den preussiske prins Albrecht til Skagen, hvor de symbolsk plantede det preussiske og østrigske flag. Endvidere indskrev von Falckenstein sig i kirkebogen i Skagen Kirke.
En klar manifestation af besættelsen af Jylland
Den 7. juli 1864 var General P. F. Steinmann blevet ny dansk overgeneral.
Det var en svær opgave både at skulle genrejse en slagen hær, men også at skulle tackle nederlaget i forhold til de politikere der havde fejlet og mistet modet.