Kort tid efter at de danske skanser ved Dybbøl var blevet indtaget i 1864, gik preusserne i gang med at sikre området omkring Sønderborg. Nedbrydningen af de danske stillinger begyndte straks, og hele 800 preussiske pionerer blev sat ind for at fjerne skanserne og forberede området til nye befæstninger.
Preussisk Fort X
En midlertidig fæstning
Allerede den 1. juli 1864 blev det besluttet at befæste Sønderborg som en midlertidig Festung Klasse – et anlæg af feltbefæstningskarakter. Arbejdet tog sin begyndelse med anlæggelsen af Fort X, en stor skanse, der dækkede et omfattende område og blandt andet omfattede de tidligere danske lynetter V og skanse VI. En lynette var åben mod bagsiden, mens en skanse var et lukket forsvarsanlæg.
Den danske brohovedskanse kunne ikke umiddelbart ombygges, da danske styrker fortsat stod på den modsatte side af Alssund. I stedet blev skansen midlertidigt ødelagt ved sprængning med ladninger af sortkrudt på op til 50 kg ad gangen.
Den Preussiske fæstning
Den tyske højsøflåde
I september 1865 traf preusserne beslutning om at opføre en permanent fæstning: Festung Sonderburg-Düppel. Et af formålene var at kunne anvende Alssund som flådebase. Fæstningen indgik i de langsigtede strategiske planer om at opbygge en stærk tysk højsøflåde, som på sigt skulle kunne udfordre Storbritanniens flådedominans. På dette tidspunkt var planerne baseret på flådebaser i Wilhelmshaven, Kiel og Sønderborg.
Opførelsen begyndte allerede i efteråret 1865.
Tabte planer og kendte fakta
Planer, kort og detaljerede beskrivelser af anlægsrækkefølgen gik desværre tabt under Anden Verdenskrig. Viden om fæstningen bygger derfor i dag på sammenligninger med samtidige anlæg og sekundære kilder. Det vides dog, at Fort X var det første fort, der blev opført, mens det sidste anlæg var Fort Herwarth omkring 1870.
Preusserne var særligt stolte af Fort X, som ofte blev vist frem for besøgende. Fortets størrelse og udformning havde også en tydelig psykologisk effekt og skulle virke imponerende – og skræmmende.
Fæstningens opbygning
På Sundeved-siden blev der opførte Preusserne tre forter: Fort IX, Fort X og Fort XI, der delvist lå oven på tidligere danske skanser. Senere blev Fort XII anlagt længst mod syd ved kysten, hvor den danske tilbagetrukne linje havde mødt havet. Dette fort var primært rettet mod mål til søs.
Fæstningen Sønderborg 1871
Ved pontonbroens brofæste lå Brohovedskansen, anlagt på den tidligere danske Nordre Brohovedskanse. Mellem denne og fort-rækken fandtes mindre skanser, som havde til opgave at dække mellemrummene mellem de store forter på Dybbøl Bjerg.
Nye skanser (forter) blev anlagt
På Als-siden blev der anlagt fem skanser i en halvcirkel omkring Sønderborg. De blev nummereret I til V fra nord mod syd og forbundet af en sammenhængende enceinte, der løb fra Sønderborg Bugt ved slottet og rundt om byen mod Alssund.
Inspiration og senere udbygning
Den Preussiske fæstning omkring Sønderborg, specielt Dybbøl, var ikke helt ulig et dansk udkast fra 1861-62. Her overvejede man en fortrække med 3 murede forter øverst på Dybbøl Bjerg. Forslaget blev sparet væk til fordel for Dannevirke
Fort Herwarth
I begyndelsen af 1870’erne blev befæstningen forstærket med Fort Herwarth nord for Sønderborg. Fortet blev opkaldt efter feltmarskal Eberhard Herwarth von Bittenfeld, der havde ledet angrebet på Als den 29. juni 1864. Fortet blev nedlagt i 1884, men genopstod senere ved Kiel og var i brug helt ind i den kolde krig. Det eksisterer stadig, men er ikke længere aktivt.
Befæstning Sønderborg
Efter den fransk-tyske krig og med muligheden for at befæste Kiel som den førende marinebase i Østersøen svandt Sønderborgs betydning som støttepunkt og Festung Sonderburg-Dyppel blev nedlagt. Endvidere var Kaiser Wilhelm Kanalen (Kielerkanal), der sikrede mulighed for at sejle fra Østersøen til Nordsøen, blevet bygget.
Fæstningen blev opgivet i 1881 og sløjfet endeligt i 1884.
De preussiske skanser I-V er ryddet og bebygget og de sidste spor af Fort Herwarth forsvandt mellem 1932 og 1945.
Kasernen
Byens tidligere kaserne, der i en lang årrække fungerede som sergentskole for den danske hær, var oprindeligt tysk marine-kaserne.
Den er bygget i 1907 som artilleri-skydeskole til flåden.
Kasernen i Sønderborg
Der skulle oprindeligt have været bygget tre fløje, men den tredje blev opgivet hvilket giver det eksisterende kasernekompleks en lidt disharmonisk arkitektur. Spiret skulle have dannet centrum for bygningskomplekset.
Kasernen er i dag centrum for mange af byens foreninger samt hotel.